根据瘘管的数量和位置，把肛瘘分为几种类型。只有一条瘘管的叫做单纯性肛瘘；超过一条瘘管的叫做复杂性肛瘘；靠近肛门部位，不是很深的瘘管叫做低位肛瘘，比较深，比较长的瘘管叫做高位肛瘘。

1. 指诊：一般患者来到医院检查时，医生都会给患者做指诊，把手指伸入患者肛门内摸一摸，如果瘘管不是很深，一般可以摸到瘘管的走向和内口。如果指检不能清楚的找到瘘管和内口，就需要做进一步的检查，包括探针、B超检查。

2. 探针检查：就是拿着探针从肛瘘的外口沿着瘘管往内伸，另一只手的手指进入肛门内，如果手指触碰到探针从内口穿出，说明找到了这条瘘管的位置、走向和内口。但如果瘘管有弯曲，探针无法顺利通过就不能做。

3. 腔内B超：可以准确判断肛瘘发病的部位、发病的范围，能很明确地诊断肛瘘。